<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    A T T E N T I O N:<br>
        Please note the room, day, and starting time being different
    this time.<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    I N V I T A T I O N<br>
    <font face="sans-serif"> </font><br>
    <font face="sans-serif">===============================================<br>
      <br>
      to the Research Seminar 'Computer Graphics, Image Processing, and
      Visualization'<br>
      <br>
    </font><font face="sans-serif">    on<font face="sans-serif">
        Tuesday, October 11th, 2016, at 10:15 AM,<br>
            in Room P-702 in the Paulinum, Augustusplatz.</font><br>
    </font><br>
    <font face="sans-serif">===============================================</font><br>
    <br>
    A talk is given by<br>
    <br>
        Daniel Gerighausen<br>
        Department of Computer Science<br>
        Leipzig University.<br>
    <br>
    Abstract:<br>
    <br>
    <font face="sans-serif">    The DNA forms with special proteins,
      so-called histones, the framework of<br>
          the chromatin, which forms the chromosomes in eukaryotic
      cells. Chromatin<br>
          state changes play an essential role in the regulation of
      transcription of<br>
          many genes, thus controlling cell differentiation. A large
      part of these<br>
          changes is due to histone modifications that alter the
      accessibility of the<br>
          DNA. An important approach of analyzing these histone
      modifications is the<br>
          peak calling. Using ChIP-seq, a DNA sequencing method, it is
      possible to<br>
          target with special antibodies only these modified histones
      and sequence<br>
          the DNA, which is wrapped around them. This DNA fragments are
      then<br>
          sequenced and mapped to the reference genome. To overcome the
      sequencing<br>
          bias of this kind of sequencing, the cell type is also
      sequenced with an<br>
          unspecific antibody to create a background. With this
      experiment and<br>
          background data the peak calling is is performed. Peak Caller
      like MACS can<br>
          call peaks in single experiments, but cannot combine multiple
      replicates to<br>
          circumvent errors in the data. Usually, the replicates were
      merged into one<br>
          data set to calculate the peak calling, but this leads to
      errors in<br>
          statistical model of MACS.<br>
      <br>
          Sierra Platinum overcomes this issue and combines multiple
      ChIP-seq<br>
          experiments in a single peak calling process. Additionally, it
      provides<br>
          several visualizations to guide the user to evaluate the
      experiments and<br>
          enables the user to down weight or exclude single experiments
      from the peak<br>
          calling based on this guidance. Furthermore, the user can
      directly compare<br>
          the results of the different parameterizations within the GUI
      of Sierra<br>
          Platinum.<br>
      <br>
          Due to the size of the input files and the algorithms that
      combine the<br>
          experiments the memory consumption and computation time is
      intensive.<br>
          Therefore, it is necessary to run Sierra Platinum on special
      hardware for<br>
          large scale experiments. To enable to more user to use Sierra
      Platinum, we<br>
          hereby present the Sierra Platinum Service. It is hosted at<br>
          sierra.sca-ds.de. Furthermore, the service can be easily
      deployed on<br>
          additional servers using a docker image.<font
        face="sans-serif"><br>
        <br>
      </font><font face="sans-serif"><font face="sans-serif">===============================================<br>
        </font></font><br>
      On behalf of Professor Scheuermann all those interested are
      cordially invited to attend.<br>
      <br>
      Yours sincerely,</font><br>
    Tom Liebmann
  </body>
</html>